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Das alte Gardai (Garde), wohin in der ersten Hälfte des XVII. Jahrhundert die ersten Kreuzwege aus Westeuropa kamen, wurde zum ersten Mal in schriftlichen Quellen im Jahre 1253 erwähnt.
In diesem Teil von Zemaitija (Samogitia) wurde die erste Kirche im Jahre 1593 gebaut. Im Jahre 1619 wurde auf dem Hügel des Heiligen Johannes (Jonas) eine andere kleine Kirche gebaut und Johannes, dem Täufer, geweiht. 1622 gründete man hier eine Pfarrgemeinde. Der Bischof von Zamaitija, Jurgis Tiskevicius, lud Dominikaner nach Gardai ein. Für die Dominikaner wurden einige Gebäude gebaut. Man schenkte ihnen auch Grundbesitz. Nach dem Wunsch des Bischofs errichteten die Dominikaner hier Kreuzberge (Kalvarijos Kalnus). 1639 wurden die Kapellen gebaut. Die Dominikaner schrieben für den Kult auch Gesänge und Gebete; so gestalteten sie diese in der katholischen Kirche so populäre Frömmigkeitspraxis. So wurde Garde nach der Bezeichnung 'Kalvarijos Zemaiciu' Kalvarija genannt. In Kalvarija entstand der dominikanische Typus der Kreuzwege mit 20 Stationen. Diese Kreuzwege waren die ersten im Großfürstentum Litauen. Später, im Jahre 1655, enstanden Kreuzwege auch in Verkiai (Vilnius).
Seit der Mitte des XVII. Jahrhunderts wurde das Städtchen Kalvarija immer mehr durch das wundertätige Gemälde "Die Jungfrau Maria mit dem Kind" bekannt, Hier spielten die Ablässe aus Anlass des Festes "Mariä Heimsuchung" eine große Rolle. Das Gemälde der Heiligen Jungfrau Maria, das aus Rom nach Kalvarija von dem Dominikaner Petras Pugacevskis gebracht worden war, wurde durch seine Wunder bekannt, seitdem es neben dem Altar gehängt worden war. Seit dem Jahre 1643 gilt das Gemälde als wundertätig. Die Wunder wurden in einem Buch registriert, das leider der Kirchenbrandes von 1889 vernichtete. Die des Gemäldes werden auch durch Votivtafeln bezeugt. In der Basilika befinden sich mehr als 150 davon. Die Gebete und Gesänge, die der Mutter des Gottes gewidmet sind, wurden im Gebetbuch „Rozancius" (Rosenkranz) von Jurgis Kasauskis aufgeschrieben. Die Lieder 'Karaliene Maloninga' (Gnädige Königin) und 'Dangaus Karaliaus Motina Svenciausia' (Heilige Mutter des Himmelskönigs) werden noch heute gesungen.
Der Bischof A. Tiskevicius gab der Kirche in Kalvarija den Titel 'Mariä Heimsuchung'. Die Ablässe für den Besuch der Kirche wurden mit den schon früher für den Besuch des Kreuzberges gewährten verbunden. Sie wurden mit der Zeit immer populärer. Die Zeit für die Ablässe beginnt in Kalvarija am 2. Juli und dauert zehn Tage. Seit dem Jahre 1619 besitzt die Kirche eine Reliquie vom Heiligen Kreuze, die aus dem Dominikanerkloster von Linblin hierher gebracht wurde. Diese ist 3,2 cm lang und 0,6 cm breit und ist die größte im Baltikum.
Die Dominikaner lebten in Kalvarija bis 1889 und wurden von der zaristischen Regierung vertrieben. Von 1927 bis 1948 wurde die Kirche und die Pfarrgemeinde von Kalvarija in Schutz der Mönche der unbefleckten Empfängnis Mariä. Während der Sowjetokkupation (1940 – 1941 / 1944 - 1989) versuchten die atheistischen Behörden die Kapellen der Kreuzwege zu zerstören. Aber die Menschen leisteten erbitterten Widerstand und schützten ihre alten Traditionen. Auf die Bittschrift des damaligen Bischofs Antanas Vaicnis hin erteilte Papst Johannes-Paul II. der Kirche in Kalvarija den Status einer Basilika. Im Jahre 1989 bekam das Städtchen wieder seinen früheren Namen Kalvarija, nachdem es von der Sowjetmacht Varduva genannt worden war.
Am 23. Juni 2006 weihte Papst Benedikt XVI. die Kronen für das Gemälde "Gottesmutter mit Kind" und befahl, dieses Gemälde unter dem Titel "Königin der christlichen Familien" zu krönen. Der Krönungstag war am 8. Oktober 2006.
In der Basilika werden an jedem zweiten Montag im Monat Ablässe für den Besuch zu Ehren der heiligen Jungfrau Maria erteilt. An jedem ersten Samstag im Monat versammeln sich die Gläubigen zur Ehre der Gottesmutter. Kalvarija war lange Jahrhunderte hindurch nicht nur in Zemaitija, sondern auch in ganz Litauen eines der wichtigsten geistlichen Zentren. Ein solches Zentrum bleibt es auch im XXI. Jahrhundert.