Sąsajos su popiežiumi Jonu Pauliumi II
Žemaičių Kalvarijos šventovė Romos popiežių globota nuo pat įsteigimo: jau 1644 m. popiežius Urbonas VIII suteikė Žemaičių Kalvarijos kryžiaus kelio koplyčioms atlaidus.
Popiežių Joną Paulių II žinios apie religinį gyvenimą sovietų okupuotoje Lietuvoje pasiekdavo įvairiais būdais. Tiek į Romą atvykstančių vyskupų pasakojimuose, tiek LKB Kronikos pranešimuose atsispindėdavo išskirtinė Žemaičių Kalvarijos šventovės reikšmė saugant ir ginant tikėjimo laisvę sunkiomis priespaudos sąlygomis.
1987 m. Lietuvai švenčiant 600 metų krikšto jubiliejų, laiške Lietuvos vyskupams popiežius Jonas Paulius II rašė: „Pirmiausia dėmesį patraukia nuo seno įsigalėjęs didelis lietuvių pamaldumas Kristaus kančiai, pamaldumas, kurį liudija [...] Kalvarijos vardu pavadintos vietovės su Kryžiaus kelio stotimis. Argi galime užmiršti ypač šiose Marijos metų išvakarėse tą didžią meilę, kuria lietuviai myli Dievo Motiną? Švenčiausioji Mergelė, Gailestingumo Motina, ypač garbinama ir mylima Vilniaus Aušros vartų ir kitose Lietuvos šventovėse: Šiluvoje, Žemaičių Kalvarijoje, Krekenavoje, Pivašiūnuose“.
1988 m. popiežius Jonas Paulius II Švč. M. Marijos metų proga Žemaičių Kalvarijos bažnyčią pakėlė į bazilikos rangą ir visame pasaulyje pagarsino šią žinią tokiais žodžiais: „Šiuo raštu visiems laikams Žemaičių Kalvarijos parapinę šventovę papuošiame Mažosios bazilikos titulu ir garbe, su visomis teisėmis ir privilegijomis“.
2004 m. Jonas Paulius II nustatė Žemaičių Kalvarijos šventovėje galimų gauti visuotinių atlaidų sąlygas bei tvarką bei leido pradėti stebuklingojo Žemaičių Kalvarijos Dievo Motinos su Kūdikiu paveikslo karūnavimo popiežiškosiomis karūnomis procesą. Jonas Paulius II dėl šio paveikslo tyrinėjimų ir restauracijos šio plano iki galo įvykdyti negalėjo. Tai atliko jo įpėdinis – dabartinis Šventasis Tėvas Benediktas XVI. Paveikslas iškilmingai karūnuotas 2006 m. spalio 8 d.
